De acordo com as investigações da PF, Martins é apontado como um dos responsáveis pela elaboração da minuta de golpe de Estado que teria sido produzida no final do governo Bolsonaro. Ele está preso desde 8 de fevereiro em função das investigações.
No depoimento prestado em fevereiro, apesar de não responder parte das perguntas sob a alegação de não ter acesso ao inquérito, o ex-assessor negou que tenha sido responsável pela elaboração da minuta de golpe e disse que estava no Brasil no final de 2022.Ele afirmou que fez uma viagem de Brasília para Curitiba no dia 31 de dezembro de 2022. A PF suspeitava que Martins tenha saído do país no avião presidencial com Bolsonaro com destino a Orlando, nos Estados Unidos, nos últimos dias de mandato do ex-presidente.
A suspeita é também apurada pelo ministro Alexandre de Moraes, relator das investigações.
Na quinta-feira (14), Moraes pediu à administração do Aeroporto de Brasília imagens do embarque de Filipe Martins e informações sobre o voo à companhia Latam.
Em ofício enviado ao ministro, a defesa de Martins enviou uma cópia do comprovante de embarque no dia indicado no depoimento.