Com a mudança, o Ministério da Defesa passa a atuar na execução de ações preventivas e repressivas contra crimes transfronteiriços e ambientais, na região de fronteira terrestre e também nos rios e lagos da região. Os militares atuarão nas ações de patrulhamento, revista de pessoas, veículos terrestres, embarcações e aeronaves, e de prisões em flagrante.
Antes, a atuação direta no território Yanomami estava sob a responsabilidade da Força Nacional de Segurança, Polícia Federal e Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama). A exceção era o espaço aéreo que estava sob o comando da Aeronáutica.O acesso de pessoas ao território Yanomami permanece sendo controlado por medidas dos Ministérios da Saúde e dos Povos Indígenas, para o controle da transmissão de doenças.
Além das novas formas de atuação, foram mantidas as ações previstas no decreto anterior.