As questões que compõem a prova são definidas ainda no final do primeiro semestre. Tudo começa com a publicação de um edital para a seleção de colaboradores para a produção dos itens da prova. Os itens, como são chamadas as questões, são elaborados conforme os parâmetros do Enem e do Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep).
Após passar por revisores e especialistas, cada questão é testada antecipadamente por um grupo de estudantes e classificada de acordo com a dificuldade. Assim, é possível compor várias provas do Enem, com temas diferentes, mas com o mesmo nível de dificuldade. O processo é sigiloso e os estudantes não sabem que estão respondendo a possíveis questões do Enem.Os itens aprovados passam a integrar o Banco Nacional de Itens (BNI), que é um repositório de questões que fica à disposição do Inep para uso em futuras provas do Enem. Para ter acesso ao BNI, é preciso seguir um protocolo de segurança. Todos os servidores e colaboradores com autorização de acesso aos itens assinam termos de sigilo e confidencialidade.
O Enem é composto por uma prova de redação e quatro provas com 45 questões objetivas cada: linguagens, matemática, ciências humanas e ciências da natureza.
Após concluída a escolha das questões, a prova é enviada para a gráfica que tem um esquema de segurança máxima. A diagramação é feita por colaboradores dentro de uma sala segura. A videoprova em libras é gravada em um estúdio montado dentro do ambiente Físico Integrado Seguro, situado no Inep.
A distribuição das provas para todas as capitais começa no início do quarto trimestre, com escolta da Polícia Federal ou da Polícia Rodoviária Federal. As provas são encaminhadas para galpões logísticos de segurança máxima e ficam sob vigilância até o dia da aplicação.
Os malotes com as provas, já separados por sala e local de aplicação, são lacrados ainda na gráfica e só podem ser abertos após o fechamento dos portões.